در بخش میکروب شناسی، آزمایش های کشت خون ،ادرار و مدفوع، کشت و بررسی مستقیم مایعات بدن، زخم ها و تعیین جرم و آنتی بیوگرام در موارد کشت مثبت صورت می پذیرد. همچنین بررسی مستقیم BK نیز انجام می گردد.

در این بخش از محیط های افتراقی جهت کشت نمونه های میکروبی، روش های مختلف رنگ آمیزی( رنگ آمیزی گرم ، زیل نلسون، بلود ومتیلن و ….)و تست های تشخیص نظیر آپتوچین ،اکسید از، کاتالاز، کواگولاز و …استفاده می گردد.این بخش مجهز به انکوباتور مخصوص میکروب شناسی، انکوباتور CO2، هود مخصوص، اتوکلاو وترازوی دیجیتال و رایانه مستقل جهت ارسال جوابهای کشت میکروبشناسی به شبکه می باشد.